Alianças no Nemexius são uma parte importante do jogo. Elas mostram jogadores que pertencem à uma comunidade em particular. Elas também definem a relação política entre jogadores.
O jogo cria patentes automaticamente: Sargento, Capitão, Major, General, Diplomata, mas o líder pode criar patentes de sua escolha com quaisquer permissões que ele queira.
Políticas no Nemexius são estruturas complexas e eficientes. Existem três tipos de políticas públicas: Guerra, Aliança e PNA. Guerras não podem ser mais de 3.
Alianças que estão em Guerra tem a opção de ativar a motivação para 70% em vez do normal de 50%.